Le Président de l'Université par ses décisions, le Conseil d'Administration (CA) par ses délibérations, le Conseil Scientifique (CS) et le Conseil des Etudes et de la Vie Universitaire (CEVU) par leurs propositions, leur avis et leurs voeux, assurent l'administration de l'université.
Les membres des 3 conseils sont élus pour 4 ans (sauf les représentants étudiants élus pour 2 ans).
Les différents conseils sont dotés chacun d'un Vice-président, d'un bureau et de commissions ou groupes de travail (Commission des Libertés Associatives, Commission des moyens, Comité Hygiène et Sécurité, Commission des Statuts ...).