Le Master MQSE est proposé en alternance (apprentissage ou contrat de professionnalisation pour les plus de 26(30) ans). Les étudiants en alternance sont recrutés dans le cadre d’un parcours intégré de deux ans s'ils réalisent leur Master 1 à l'ISM-IAE, et d'un an s'ils intégrent la formation uniquement pour le M2. Pour ces derniers, le parcours en alternance est prioritairement destiné à des étudiants titulaires d’un Master 1 ou d'un Titre technique, en environnement, en qualité, en sécurité, en biologie, en santé, etc. (non à dominante managériale ou gestionnaire) souhaitant développer une double compétence.