Les structures de recherche incarnent pleinement l'identité de la recherche à l'UVSQ, déclinée en les 4 thèmes Santé et handicap ; Développement durable, climat et observation spatiale ;  Gouvernance, droit et économie ; Culture et sciences du patrimoine et 2 axes transversaux que sont l'Intelligence Artificielle et les Matériaux et dispositifs innovants.

• Biologie de la reproduction, environnement, épigénétique et développement (BREED) UMR 1198 (ENVA/INRAE/UVSQ)
• Infection et inflammation (2I) - UMR 1173 (INSERM/UVSQ)
• Physiopathologie et Pharmacologie Clinique de la Douleur (LPPD) - UMR U987 (INSERM/UVSQ)
• Virologie et immunologie moléculaires (VIM) - UMR 0892 (INRAE/UVSQ)
• Centre de Recherche en épidémiologie et Santé des populations (CESP) - UMR U1018 (INSERM/UVSQ/Université Paris-Saclay),
• Cohortes épidémiologiques en population (CONSTANCES) - UMS 0011 (INSERM/UVSQ) 
• Laboratoire anthropologie, archéologie, biologie (LAAB) - UR 20202
• REcherche, HAndicap, Dysfonction, Adaptations, Participation et Technologie (REHADAPT) - UR 20201 
• Laboratoire HANDISTART - UR 20262
• Unité de Recherche Pharmacologie des oligonucléotides pour le traitement des maladies neuromusculaires (PHARMAColigo) - UR 20261
• Laboratoire Innovation thérapeutique : de la physiopathologie à l'appliqué dans les pathologies neuro-Musculaires, la rePROduction et le déVEloppement (IMPROVE) - UMR 1357
• Laboratoire Technologies pour la Santé et le Médicament (TSM)

• Institut Pierre Simon Laplace (IPSL - FR 636 CNRS/UVSQ)
• Laboratoire Atmosphères, Milieux, Observations Spatiales (LATMOS) - UMR 8190 (CNRS/Sorbonne Université/UVSQ)
• Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement (LSCE) - UMR 8212 (CNRS/CEA/UVSQ)
• Observatoire de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (OVSQ) - UAR 3342 (CNRS/UVSQ)
• Laboratoire de Génétique et Biologie Cellulaire (LGBC) - UR 4589
• Données et Algorithmes pour une ville intelligente et durable (DAVID) - UR 7431
• Groupe d'étude de la matière condensée (GEMaC) - UMR 8635 (CNRS/UVSQ)
• Institut Lavoisier de Versailles (ILV) - UMR 8180 (CNRS/UVSQ)
• Fédération de Recherche en Sciences Informatiques, Humaines et Sociales de Versailles St-Quentin (SIHS) FR2002
• Institut photonique d'analyse non-destructive européen des matériaux anciens (IPANEMA) - USR 3461 (CNRS/Min. CULT/UVSQ)
• Laboratoire d'informatique Parallélisme Réseaux Algorithmes Distribués (LI-PaRAD) - UR 7432
• Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes de Versailles (LISV) - UR 4048
• Laboratoire de Mathématiques de Versailles (LMV) - UMR 8100 (CNRS/UVSQ)
• Maison de la simulation (MDLS) - UMS USR 3441 (CEA/CNRS/INRIA/UVSQ/UPSaclay)
• Fédération Maison de l'IA

• Centre de recherches sociologiques sur le droit et les institutions pénales (CESDIP) - UMR 8183 (CNRS/Min. JUSTICE/UCP/UVSQ)
• Laboratoire de Droit des Affaires et Nouvelles Technologies (DANTE) - UR 4498
• Laboratoire de Recherche en Management (LAREQUOI) - UR 2452
• Centre de recherche Versailles Saint-Quentin institutions publiques (VIP) - UR 3643
• Soutenabilité et Résiliences (SOURCE) - UMI (IRD/UVSQ) - anciennement Centre d'études sur la mondialisation, les conflits, les territoires et les vulnérabilités (CEMOTEV)

• Centre d'histoire culturelle des sociétés contemporaines (CHCSC) - UR 2448
• Cultures, Environnements, Arctique, Représentations, Climat (CEARC) - UR 4455
• Dynamiques patrimoniales et culturelles (DYPAC) - UR 2449
• Institut de recherche arctiques Jean Malaurie (IRAM) UR 20203 / Malaurie Institute of Arctic Research Monaco - UVSQ
• Laboratoire interdisciplinaire sur les mutations des espaces économiques et politiques Paris-Saclay (LIMEEP-PS) - UR 20204
• Professions, institutions, temporalités (PRINTEMPS) - UMR 8085 (CNRS/UVSQ)
• Maison des Sciences de l'Homme - Paris-Saclay (MSH Paris-Saclay) - USR 3683